E-Rechnungen & E-Commerce-System: Wie integriere ich die elektronische Rechnungsstellung?

Wenn du einen Onlineshop mit WooCommerce, Shopify oder einem anderen E-Commerce-System betreibst, kommst du an einem Thema in Zukunft nicht mehr vorbei: elektronische Rechnungen – kurz E-Rechnungen. Vor allem dann, wenn du mit Behörden oder öffentlichen Auftraggebern arbeitest oder deine Prozesse effizienter gestalten willst, lohnt sich der Umstieg auf standardisierte, maschinenlesbare Rechnungsformate wie XRechnung oder ZUGFeRD.

In diesem Beitrag erfährst du, was du über E-Rechnungen wissen musst, welche rechtlichen Vorgaben auf dich zukommen und wie du dein E-Commerce-System Schritt für Schritt in die elektronische Rechnungsstellung integrierst – egal ob du WooCommerce, Shopify oder eine andere Lösung nutzt.

Rechtliche Anforderungen: Was gilt für dich als E-Commerce-Betreiber?

ie Pflicht zur elektronischen Rechnungsstellung betrifft dich nicht nur, wenn du an öffentliche Auftraggeber lieferst, sondern auch Rechnungen an andere Unternehmen ausstellst bzw. von ihnen erhältst – denn seit 2025 greift schrittweise die E-Rechnungspflicht im B2B-Bereich in Deutschland.

💡 Dabei ist wichtig zu wissen: Eine PDF-Rechnung per E-Mail ist keine E-Rechnung im Sinne des Gesetzes. Eine echte E-Rechnung muss strukturiert maschinenlesbar sein – zum Beispiel im Format XRechnung oder ZUGFeRD (Version 2.x im Profil EN 16931-konform).

Das bedeutet für dich:

• Ab 2025 müssen alle Unternehmen E-Rechnungen empfangen können.
• Ab 2027 (voraussichtlich) darfst du Rechnungen im B2B nur noch als E-Rechnung versenden – außer der Kunde wünscht ausdrücklich etwas anderes.
• Bei öffentlichen Auftraggebern ist die E-Rechnung bereits seit einigen Jahren Pflicht, wenn du über 1.000 Euro abrechnest.

Auch wenn du (noch) nicht verpflichtet bist: Es lohnt sich, dich jetzt mit dem Thema auseinanderzusetzen – um vorbereitet zu sein und deine Prozesse frühzeitig zu digitalisieren.

➡️ Grundlegendes zum Thema E-Rechnung erfährst du hier.

Technische Grundlagen: Wie funktioniert die E-Rechnungsstellung?

Auf den ersten Blick klingt „E-Rechnung“ technisch kompliziert – aber keine Sorge: Du musst nicht selbst XML-Dateien schreiben. Trotzdem hilft es, grob zu verstehen, wie das Ganze funktioniert.

Was ist eine E-Rechnung technisch gesehen?

Eine E-Rechnung ist eine XML-Datei, also ein strukturiertes Textdokument, das bestimmte Felder wie Rechnungsnummer, Betrag, Steuersatz, Käufer:in und Verkäufer:in genau definiert enthält. Sie basiert auf einem festgelegten Standard – z. B. dem XRechnung-Format in Deutschland oder dem europäischen EN 16931-Standard.

Was passiert beim Versand?

Statt die Rechnung als PDF anzuhängen, wird die XML-Datei entweder:

• direkt an ein Buchhaltungssystem übergeben,
• über ein Portal hochgeladen (z. B. beim Land oder Bund),
• oder über ein Netzwerk wie Peppol verschickt – ein europäisches Übertragungsnetzwerk für strukturierte Geschäftsdaten.

Was muss in der E-Rechnung stehen?

Eine E-Rechnung enthält u. a.:

• Name und Adresse von dir und deiner Kundschaft
• USt-ID bzw. Steuernummer
• Rechnungsnummer und -datum
• Artikelbezeichnung, Menge, Preis
• Umsatzsteuerinformationen
• bei Behörden: Leitweg-ID zur korrekten Zustellung

Das klingt erstmal umfangreich – aber mit dem richtigen Tool oder Plugin läuft das alles automatisch im Hintergrund. 

➡️ Der Weg zur E-Rechnung: Alle Voraussetzungen und Anforderungen

WooCommerce, Shopify & Co.: Welche Möglichkeiten zur Integration gibt es?

Du nutzt ein E-Commerce-System wie WooCommerce, Shopify, Shopware oder ein anderes Shopsystem? Gute Nachricht: Es gibt zahlreiche Möglichkeiten, E-Rechnungen direkt in deinen Verkaufsprozess zu integrieren – von einfachen Plugins bis hin zu externen Tools mit automatischer Übertragung.

WooCommerce: E-Rechnungen aus WordPress heraus erzeugen

Wenn du WooCommerce nutzt, hast du verschiedene Optionen, um die E-Rechnungsstellung zu automatisieren:

• Plugins wie Germanized Pro oder WooRechnung bieten die Möglichkeit, strukturierte Rechnungen (teilweise auch im ZUGFeRD-Format) zu erzeugen.
• Tools wie sevDesk, Lexoffice oder FastBill lassen sich per Schnittstelle anbinden und übernehmen die Rechnungsstellung automatisch – inklusive E-Rechnungsformat.
• Über Zapier, Integromat (Make) oder benutzerdefinierte Webhooks kannst du deine Bestellungen auch an externe Dienste weiterleiten, die dann die E-Rechnung generieren und versenden.

💡 Tipp: Achte darauf, dass das gewählte Plugin oder Tool tatsächlich XRechnung oder ZUGFeRD-kompatible Formate erzeugt – nicht alle Anbieter unterscheiden zwischen PDF-Rechnungen und echten E-Rechnungen.

Shopify: E-Rechnungen über Apps oder externe Tools

Shopify ist eher auf den internationalen Markt ausgerichtet, unterstützt aber mit Hilfe von Apps und Drittanbietern ebenfalls die E-Rechnungsstellung:

• Mit Tools wie easybill, Billbee oder Lexoffice kannst du deine Bestellungen aus Shopify automatisch in E-Rechnungen umwandeln lassen.
• Auch hier ist der Weg über eine API-Integration oder über Peppol-kompatible Plattformen wie Storecove möglich, wenn du viele Rechnungen an Behörden oder Unternehmen versendest.

Weitere Systeme: Shopware, Wix, Jimdo & Co.

• Shopware bietet als deutsches System bereits gute Voraussetzungen für eine strukturierte Rechnungsstellung, vor allem über Plugins und ERP-Anbindungen.
• Wix und Jimdo bieten aktuell keine direkte E-Rechnungsfunktion – hier ist die Anbindung an ein Rechnungs-Tool wie sevDesk oder FastBill meist der einfachste Weg.
• Wenn du über Marktplätze (z. B. Amazon, Etsy) verkaufst, kannst du Rechnungsdaten häufig exportieren und automatisiert weiterverarbeiten lassen.

➡️ Shopify vs. Wix für E-Commerce: Welcher Website-Baukasten passt zu dir?

So richtest du die E-Rechnung in deinem System ein

Die Integration von E-Rechnungen in deinen Shop ist oft leichter, als du denkst – vor allem, wenn du von Anfang an die richtigen Tools nutzt. Hier zeigen wir dir, wie du Schritt für Schritt vorgehst, um E-Rechnungen sauber in dein E-Commerce-System zu integrieren.

1. Voraussetzungen klären

Bevor du loslegst, solltest du ein paar Dinge bereithalten:

• Steuernummer oder USt-ID
• ggf. eine Leitweg-ID, falls du an öffentliche Auftraggeber:innen verkaufst
• dein Shopsystem und ein passendes Rechnungs- oder Buchhaltungstool
• Entscheidung für ein Format: XRechnung oder ZUGFeRD (letzteres ist oft einfacher im E-Commerce)

2. Passende Lösung wählen

Je nach Shopsystem hast du verschiedene Möglichkeiten:

Tipp: Achte darauf, ob das Tool die E-Rechnung automatisch im korrekten Format erzeugt – und nicht nur ein PDF generiert.

3. Automatisierung einrichten

In vielen Tools kannst du einstellen, dass bei jeder Bestellung automatisch eine E-Rechnung erstellt und versendet wird – entweder per E-Mail oder über ein Portal wie Peppol. Wichtig ist:

• die korrekte Zuordnung der Pflichtfelder (Kund:in, Produkt, Betrag, Steuer)
• bei Behörden: die richtige Leitweg-ID
• regelmäßige Tests und eine Vorschau-Funktion, bevor du live gehst

4. Rechnung vor dem Versand prüfen

Gerade zu Beginn lohnt es sich, jede E-Rechnung einmal manuell anzuschauen – oder mit einem Validator (z. B. dem XRechnung-Prüftool der KoSIT) zu überprüfen, ob sie alle Anforderungen erfüllt.

💡 Wenn du dein System einmal sauber aufgesetzt hast, läuft die E-Rechnungsstellung im Hintergrund mit – und du hast mehr Zeit für dein eigentliches Business.

Alternativen: Externe Tools und Dienstleister nutzen

Du willst dich nicht mit Plugins und technischen Schnittstellen herumschlagen? Dann kann es sinnvoll sein, die E-Rechnungsstellung auszulagern – an ein spezialisiertes Tool oder einen Dienstleister. Besonders für Selbstständige und Freelancer:innen mit begrenzten Ressourcen ist das eine zeitsparende und oft kostengünstige Lösung.

All-in-one-Tools für E-Rechnungen

Es gibt eine ganze Reihe an Software-Lösungen, die sich auf die automatische Erstellung von E-Rechnungen spezialisiert haben – oft mit praktischen Zusatzfunktionen wie Kundenverwaltung. Beliebte Lösungen sind:

• Accountable
• sevDesk
• Lexoffice
• FastBill
• Billbee (ideal für Multichannel-Verkauf)
• easybill

Diese Tools bieten dir meist:

• automatische Erstellung von E-Rechnungen im Format XRechnung oder ZUGFeRD
• einfache Anbindung an Shopsysteme wie WooCommerce, Shopify oder Etsy
• Versand direkt per E-Mail oder über Peppol
• rechtssichere Archivierung deiner Rechnungen

Automatische Übergabe deiner Bestellungen

Damit du nicht jede Rechnung einzeln anlegen musst, kannst du deine Bestelldaten automatisch aus deinem Shop exportieren. Je nach Tool funktioniert das über:

• eine direkte API-Schnittstelle
• CSV-Importe (z. B. täglicher Export deiner Bestellungen)
• Integrationen über Zapier oder Make (Integromat)

So entsteht aus jedem Verkauf in deinem Shop ganz ohne Mehraufwand eine E-Rechnung – fehlerfrei und rechtskonform.

Zusammenarbeit mit Steuerberater

Wenn du bereits mit einer Steuerkanzlei arbeitest, lohnt es sich, auch dort nachzufragen. Viele Kanzleien arbeiten mit DATEV, Agenda oder ähnlichen Systemen, die E-Rechnungen automatisch übernehmen können, wenn sie im richtigen Format vorliegen. Auch hier kann eine E-Rechnungslösung wie Lexoffice oder sevDesk als Schnittstelle dienen.

Fazit: So machst du dein E-Commerce-System zukunftssicher

E-Rechnungen sind mehr als nur ein lästiges Bürokratie-Thema – sie sind ein wichtiger Schritt in Richtung Automatisierung und Effizienz. Wenn du frühzeitig auf strukturierte Rechnungsformate wie XRechnung oder ZUGFeRD umsteigst, sicherst du dir klare Vorteile:

• Du sparst Zeit bei der Rechnungserstellung und -übermittlung
• Du reduzierst Fehler durch automatische Datenverarbeitung
• Du bist rechtlich auf der sicheren Seite – auch bei künftigen Vorgaben
• Du machst dein Business bereit für die Zusammenarbeit mit Behörden und größeren Kund:innen

Egal ob du WooCommerce, Shopify oder ein anderes Shopsystem nutzt: Mit den richtigen Tools und ein wenig Vorbereitung ist die Integration von E-Rechnungen gut machbar – und zahlt sich schnell aus. Nutze die Möglichkeiten, die dir Plugins, externe Anbieter und Schnittstellen bieten, um deinen Rechnungsprozess zu vereinfachen.

Denn: Je mehr sich dein Business entwickelt, desto wichtiger wird ein sauber aufgesetzter, digitaler Workflow. Und mit E-Rechnungen legst du dafür heute schon den Grundstein.

➡️ Digitale Buchhaltung: Software ist ein Muss

FAQ: Die häufigsten Fragen zur E-Rechnung im E-Commerce

Brauche ich immer eine XRechnung, wenn ich online verkaufe?

Nein. Eine XRechnung brauchst du nur, wenn du an öffentliche Auftraggeber:innen in Deutschland lieferst und der Rechnungsbetrag über 1.000 € liegt. Für den allgemeinen B2B-Bereich reicht auch das ZUGFeRD-Format – solange es der Standard EN 16931 entspricht.

Was ist der Unterschied zwischen einer PDF-Rechnung und einer E-Rechnung?

Eine PDF-Datei ist nicht maschinenlesbar und gilt daher rechtlich nicht als echte E-Rechnung. E-Rechnungen sind strukturierte XML-Dateien, die automatisch verarbeitet werden können – z. B. in Buchhaltungssystemen.

Kann ich E-Rechnungen auch als Kleinunternehmer:in ausstellen?

Ja. Auch wenn du unter die Kleinunternehmerregelung fällst, darfst du E-Rechnungen ausstellen. Du musst nur darauf achten, dass die Umsatzsteuer korrekt (also ggf. nicht ausgewiesen) verarbeitet wird und dein Tool das unterstützt.

Muss ich E-Rechnungen selbst schreiben oder programmieren?

Nein. Du nutzt am besten ein Tool oder Plugin, das die E-Rechnung für dich automatisch erzeugt – je nach Shop und Anforderungen. Du musst keine XML-Dateien manuell erstellen oder versenden.

Wie schicke ich eine E-Rechnung an eine Behörde?

Dazu brauchst du die sogenannte Leitweg-ID der Behörde. Diese gibst du im Tool oder Plugin an, damit die E-Rechnung korrekt zugeordnet und z. B. über Peppol übertragen wird.

Was kostet mich die Umstellung?

Viele E-Rechnungs-Tools bieten kostenlose Basisfunktionen, vor allem für Einzelunternehmer:innen. Plugins und professionelle Anbieter kosten in der Regel zwischen 5 und 20 € pro Monat – je nach Funktionsumfang. Dafür sparst du Zeit, Fehler und manuelle Arbeit.

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Autor - Sophia Merzbach

Sophia ist seit vielen Jahren Teil des Accountable-Teams und verbindet journalistische Genauigkeit mit handfestem Steuerwissen.

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